Sejarah berliku dan panjang dialami Kementerian Agama RI dalam pengelolaan Ibadah Haji, mulai dari aturan dalam negeri yang terus disempurnakan seiring perkembangan tuntutan, rasa keadilan dan efisiensi pelayanan, dari tingkat masyarakat luas hingga suara yang berasal dari parlemen, sampai harus melakukan negoisasi dengan Pemerintah Saudi Arabia yang memiliki karakter dan budaya berbeda.
Sudah banyak jamaah haji Indonesia pernah dikawal dari embarkasi ke debarkasi. Bahkan dari pengurusan dokumen sampai mengantarkan mereka masuk ke dalam pesawat lalu melepas mereka kembali ke daerahnya masing-masing. Prosesi dan dinamika penyelenggaraan haji dari tahun ke tahun bukanlah impian dan hasil fantasi, bukan pula sebuah sejarah yang tiba-tiba muncul kepermukaan. Prosesi dan dinamisasi penyelenggaraan oleh Bangsa ini, khususnya oleh Kementerian Agama adalah kegiatan melayani yang tak pernah berhenti bagi harapan berjuta muslim yang akan menunaikan Rukun Islam ke-5.
Sesuai catatan dan rekam sejarah pelayanan dan atau penyelenggaraan haji serta Undang Undang yang berlaku. maka perlu terus dilakukan upaya maksimal dan serius bagi melindungi, membina, melayani serta menempatkan jamaah haji pada kedudukan mulia. Telah kita ketahui bahwa zona pelayanan haji terbagi ke dalam dua area pelayanan dalam dan luar negeri. Dalam pelayanan di dalam negeri salah satu wadah karantina sebelum berangkat ke tanah suci, adalah Asrama Haji dan atau Embarkasi / Debarkasi. Inilah manajemen opersional dan spritual yang berpadu dalam potret penyelenggaraan haji di seluruh Indonesia, dalam hal ini di Kalimantan Timur sebagai salah satu Embarkasi di wilayah Timur Negara ini.
Menjadi salah satu pilar yang sangat penting dalam penyelenggaraan ibadah haji di Indonesia, khususnya di wilayah Timur negeri ini, Embarkasi yang memberangkatkan jamaah Kaltim, Kaltara, Sulteng dan Sulut ini tentu memiliki peran yang sangat penting dalam proses penyelenggaraan ibadah haji. Awal keberadaan Asrama Haji Balikpapan merupakan bantuan dari Walikota Balikpapan sebesar Rp. 85.000.000 dari proyeksi anggaran tahun. 1990/1991. Dana dimaksud digunakan untuk kegiatan pembebasan lahan seluas 1,7 ha. Pada tahun yang sama Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Kaltim, Drs. H. Bisrie Abd. Djalil mengajukan usulan kepada Departemen Agama RI untuk membangun asrama haji transit di Kalimantan Timur yang terletak di Balikpapan di atas lahan tersebut. Gayung bersambut, melalui dana crash programme Ditjen Bimas Islam dan Urusan Haji membangun dua unit gedung bangunan bertingkat yang menelan biaya Rp. 194.000.000.-. Selanjutnya bantuan terus mengalir terutama yang berasal dari APBN melalui Departemen Agama RI sebesar Rp. 259.000.000. yang dialokasikan untuk bangunan bertingkat di atas lahan seluas 4.200 m2 (asrama A.3) dan diresmikan pada tanggal 19 September 1992 oleh Menteri Agama RI saat itu, H.Munawir Sadzali. Pada tahun 1992/1993 Pemerintah Daerah Provinsi Kalimantan Timur mengalokasikan dana APBD sebesar Rp. 260.000.000. untuk perluasan lahan asrama haji dan pembangunan satu unit Ruang Makan (RM-1). sehingga luas lahan sudah menjadi 8.4 ha. Bantuan demi bantuan terus mengalir sehingga sampai saat ini luas lahan Asrama Haji Balikpapan menjadi 9,1450 ha.
Jamaah calon haji yang akan berangkat maupun yang kembali ke dan dari tanah suci melalui tahapan persiapan dan penyambutan di asrama haji Balikpapan ini. Juga proses pemeriksaan dokumen, barang bawaan. kesehatan dan karantina dan lain-lain. Di samping itu asrama haji juga sebagai tempat mempersiapkan diri dan stamina sebelum maupun sesudah menempuh perjalanan jauh yang cukup melelahkan.
Akhirnya Balikpapan ditetapkan sebagai embarkasi haji kelima untuk melayani calon jamaah haji Kaltim. Kalsel dan Kalteng pada tanggal 29 Desember 1993.
UPT Asrama Haji Balikpapan, tempat suci bermula, mengantar langkah para tamu Allah menuju ridha-Nya.